El clomifeno funciona bloqueando los estrógenos en la pituitaria. La pituitaria recibe menos estrógenos y produce más LH. Más LH significa que las células de Leydig en los testículos van a producir más testosterona.
Aunque el Clomid es un estrógeno sintético también trabaja como un anti-estrógeno. La razón es que Clomid tiene sólo un efecto estrogénico muy bajo y de este modo los estrógenos más fuertes presentes, por ejemplo los formados durante la aromatización de esteroides, son bloqueados en los receptores. Esto no impide que los esteroides aromaticen pero los estrógenos elevados son mayormente desactivados porque no pueden atacar a los receptores. La elevada retención de agua y los posibles síntomas de feminización pueden ser reducidos o mejor aun, completamente evitados, con el uso de este compuesto. Debido a que el efecto antiestrogénico causado por el Clomid es notablemente más bajo que el causado por Proviron, Nolvadex, y Teslac, el clomid se usa principalmente como un estimulante de la producción endógena de testosterona.